长春中医药大学港澳台事务办公室是我校执行涉港澳台政策，处理和协调对香港、澳门、台湾地区的教育交流与合作的管理和服务的职能部门。在中央、国务院对港澳台地区的政策、方针指导下，本办公室的主要职能是： 1.负责建立和保持与港澳台地区高校机构的联系与合作。
2.负责学校师生因公赴港澳台以及港澳台地区人员来访审批、报备等工作。